Участник ООО пишет заявление о выходе с просьбой выплаты доли. В течение года доля не распределена. Какие санкции? То есть прошло больше года. С момента подачи заявления доля перешла к ООО. Но выплачена выходящему не была, а также не была распределена протоколом. Кстати, изменения в ЕГРЮЛ также не были внесены до сих пор.
А вот за то, что изменения не внесли можете понести ответственность. Но не суетитесь, распределите долю между участниками в соответствии с Вашим Уставом, вносите изменения в Устав и регистрируйте все вместе. То что распределили долю, принадлежащую предприятию между участниками по сроку больше года, а к вам не применили никаких санкций, то Вы спокойно продолжаете исполнять все действия по Уставу и официально закрепляете то, что уже фактически у Вас действует.