Хочу встать на учет в военкомате по месту постоянной регистрации. В паспортном выписался, а военкомат не снимет с учета,
Здесь не совсем понятны мотивы, по которым вы снялись с рег. учета. В соответствии с законом, вы должны состоять на воинском учете по месту вашего жительства. Причем не важно, какая при этом у вас регистрация по месту этого жительства, постоянная или временная. "Граждане обязаны состоять на воинском учете по месту жительства (граждане, прибывшие на место пребывания на срок более трех месяцев, - по месту их пребывания) в военном комиссариате". Для паспортно-визовой службы не важен ваш мотив или причина снятия с рег. учета. Они за учет военнообязанных не отвечают. А вот для военкомата это важно, особенно если это переезд к др. месту жительства. Своих "клиентов" они не хотят терять. В вашем случае снять с учета военкомат вас обязан. Подайте еще одно заявление в военкомат, а в нем укажите: копия - в прокуратуру. Думаю, ваш вопрос в этом случае решится быстро. Не решится, действуйте через прокуратуру.