В какие органы нужно сообщить если организация заключает договор с украинской организацией?и нужно ли вообще это делать

Ну, если не хотите закладывать организацию... В принципе, ни в какие органы сообщать о заключении договора не надо, однако, если денежные средства будут пересекать государственную границу, то действует специальный порядок (необходим паспорт сделки, доп. документы и т.д.). Данный вопрос Вам должны подробно разъяснить в банке, через который пойдут платежи. Учтите, что Украина входит в Единый таможенный союз, а там правила меняются по два раза в месяц...