Я оформлен в двух местах(в трудовой есть запись и про основное место, и про совместительство)

Если я правильно поняла, у Вас внешнее совместительство. Приносите на основное место работы справку или копию приказа об увольнении с совместительства, там Вам делают запись об увольнении с совместительства (после этой записи печать и подпись не нужны). Далее делают запись об увольнении с основного места работы. После этой записи уже нужна печать и подпись лица, ответственного за ведение трудовой. Эти печать и подпись заверяют все записи, сделанные на данной работе.